Conserved Gene Expression Plasticity in Development Is More Pervasive Than Expression Divergence Between Species of <i>Caenorhabditis</i> Nematodes
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Notice bibliographique
Résumé
Diverse regulatory mechanisms enable precise spatio-temporal control of gene expression across developmental stages, tissues, and sexes, contributing to the proper development of the organism. Evolutionary divergence leads to species-specific gene expression patterns, even in preserved developmental structures, due to regulatory changes that can disproportionately influence subsets of developmental genetic networks. Here, we quantify the evolution of sex-biased and tissue-biased transcriptomes from two tissue types (gonad and soma) for each of two sexes (male and female) from two of the closest known sister species of Caenorhabditis nematodes (C. remanei and C. latens). Differential gene expression and co-expression network analyses identify gene sets with distinct transcriptomic profiles, revealing widespread divergence between these morphologically and developmentally cryptic sister species. The transcriptomic divergence occurs despite most genes showing conserved expression across tissues and sexes. These observations implicate shared selection pressures related to tissue and sex differences as outweighing species-specific selection and developmental system drift in shaping overall transcriptome profiles. Although developmentally plastic tissue-biased expression profiles are mostly conserved between species, we find that sex-biased genes, particularly male-biased genes, contribute disproportionately to species-differences in gene expression, consistent with a disproportionate role for male-biased selection driving gene expression divergence.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle