Genome-wide characterization and expression divergence of voltage-dependent anion channel (VDAC) in upland cotton (Gossypium hirsutum L.) in response to abiotic stresses
Notice bibliographique
Résumé
Voltage-dependent anion channels (VDACs) are proteins present at the outer membrane of mitochondria that are involved in stress response, such as drought and salt, signal transduction, and cellular metabolism. The role of the VDAC gene family in other crops has been identified, but its role in cotton has been uncharacterized. In this study, a genome-wide study was conducted in upland cotton ( G. hirsutum L.) under drought and salt stresses. We identified 18 GhVDAC genes and mapped them using the MG2C online tool. The random distribution of GhVDAC genes was determined using the GSDS server for their intron-exon structure. Phylogenetic analysis using MEGA. 11 software constructed the phylogenetic tree by the maximum likelihood method of 14 different species with 66 VDAC genes, which were distributed across four clades. All p. patens VDAC genes were present in a single clade, and 10 GhVDAC genes were found in clade IV. Ten motifs were identified, and motif 9 was absent in GhVDAC3, GhVDAC9, GhVDAC10, GhVDAC11 , and GhVDAC18. Motif 10 was present in only two genes, GhVDAC5 and GhVDAC14. Promoter analysis revealed cis-elements involved in hormone and stress response. Synteny and circos analysis revealed orthologous gene duplication events and evolutionary relationships. In-silico expression mapping was used to identify candidate genes, and then qRT-PCR was done for validation of GhVDAC6, GhVDAC11, GhVDAC13 , and GhVDAC15 genes. In conclusion, this is a genome-wide study on the VDAC gene family in cotton under drought and salt stress that provides insights into their structure, evolutionary relationship, and molecular mechanism, and this study lays the theoretical foundation for future breeding programs to develop resistant crops for drought and salt stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».