AID/APOBEC3 Dynamic Catalytic Pockets and AID-α7 Regulation Mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
AID/APOBEC3s mutate dC to dU in ssDNA in the restriction of viruses, creation of antibodies, and when off-target affecting cancers. Little was known of the catalytic pocket dynamics of these enzymes in real time. As such, we utilised molecular dynamics analyses to determine catalytic pocket volumes and states. We found that most AID/APOBECs remain predominantly in either a closed or indeterminate state to varying degrees while A3G-CD2 is predominantly open. This occurs chiefly from the catalytic residues themselves and the loop 1 serine/threonine in the "floor" of the catalytic pocket while other residues of the secondary catalytic loops 1, 3, 5, and 7 aid in these states. Surprisingly, we found that the presupposed stable position of AID's unique α7 (β-state) in contact with the β-sheet and α6 was unstable while the α-state in contact with α6 and loop7 was stable and caused pocket closure. Mutations could cause the destabilisation of the α-state (R171Y and R178D) or stabilisation of the β-state (R190D and R194A). Thus, pocket states are relatively similar in overall cause; however, multiple residues from sec-ondary catalytic loops as well as AID-α7 determine the rates at which these states occur, potentially affecting the chances any AID/APOBEC is able to have catalysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».