Large Haplotypes Linked to Climate and Life History Variation in Divergent Lineages of Atlantic Salmon ( <scp> <i>Salmo salar</i> </scp> )
Notice bibliographique
Résumé
Advances in sequencing are revealing that linked genomic architectures, enabling the evolution of co-adapted alleles at multiple loci, often shape complex phenotypes. Several recent studies have identified such architectures (e.g., chromosomal rearrangements and supergenes) contributing to adaptation or divergence across diverse species, from plants to mammals. Specifically, within Atlantic salmon (Salmo salar ), genomic studies are revealing large haplotypes and structural variants that may underpin local adaptation in the species. Using data from > 4000 individuals from 134 locations spanning the North Atlantic Ocean, we identify a large (~3 Mbp) genomic region on Ssa18 showing patterns of differentiation and linkage disequilibrium (LD) indicative of a large haplotype block containing three divergent haplotypes (herein A, B and C haplotypes). In Europe, haplotypes A and B were common, whereas A and C were more common within North America, suggesting a shared 'ancestral' A haplotype, with different continent-specific alternative haplotypes. Data support independent origins of divergent haplotypes in each continent, as well as signals of trans-oceanic introgression of haplotypes. Haplotype frequency is strongly associated with latitude, climate and life history (smolt age); however, the strength and direction of these relationships vary across continents. Overall, our analyses were consistent with other studies that identify chromosomal rearrangements; however, long-read sequence data did not find evidence of a structural variant, and instead an ancestral fusion may explain the formation and maintenance of the observed haplotypes. Our study contributes to ongoing efforts to understand the evolutionary role of linked genomic architecture in Atlantic salmon and its significance in salmonid diversification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».