Joint Effects of Balancing Selection and Population Bottlenecks on the Evolution of a Regulatory Region of Human Antiviral <i>APOBEC3</i>
Notice bibliographique
Résumé
Human antiviral APOBEC3s are crucial components of the innate immune response, playing a key role in inhibiting viral replication and proliferation by inducing mutations in viral genomes. In this study, in a regulatory region of ∼16 kb in the APOBEC3 gene cluster on human chromosome 22, we identified three distinct haplogroups that are maintained at high frequencies in both African and non-African populations. Despite the long persistence of these haplogroups, one of which is shared by archaic hominins, the nucleotide diversity within each haplogroup was surprisingly low in non-Africans. Genome-wide empirical distribution and coalescence-based simulation tests showed that the simultaneous observations of low within-haplogroup diversity and high between-haplogroup divergence were incompatible with neutrality. We also identified an ancestral sequence group exclusively in African populations. To explain these features and elucidate the underlying evolutionary mechanisms, we performed forward simulations to model the joint effects of balancing selection and population bottlenecks. The results demonstrated the operation of balancing selection over the past ∼1 million years, as well as a hitherto unexplored reduction in within-haplogroup diversity. The only unexplained observation was the low diversity within African haplogroup I, which is unaffected by the non-African-specific bottleneck. We hypothesized that an extra haplotype turnover within haplogroup I occurred prior to the Out-of-Africa dispersal of modern humans. This study highlights the functional importance of the APOBEC3 regulatory region in terms of evolutionary conservation in Hominidae, a target of natural selection in modern humans, and its relevance in GTEx eQTL.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».