Clustering and time series analyses of hybrid immunity to SARS-COV-2 using data from the BQC19 biobank
Notice bibliographique
Résumé
The SARS-CoV-2 pandemic revealed that immunity after infection was temporary, with reinfections occurring. As the pandemic progressed, individuals encountered infection and vaccination in varying sequences and at different time intervals, resulting in heterogeneous patterns of infection, reinfection and vaccination, so-called hybrid immunity. This study analyzed these patterns by grouping individuals based on their infection, reinfection, and vaccination sequences using data from the Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19). We applied agglomerative and divisive hierarchical clustering on time series representing patients' COVID-19 episodes, using Dynamic Time Warping to compute distances. Their characterization revealed that clusters followed a temporal progression depending on the timing of infection and its positioning across the pandemic waves. On the other hand, reinfections occurred from the fifth wave onward. The most highly vaccinated groups appear to have been infected and consequently reinfected later in the pandemic. Some groups featured a higher proportion of healthcare workers, while for others, the trajectory and their timeframes were decisive. This study highlights the role of vaccination, which is in line with current knowledge. It also shows that, beyond the sequence of events, it is rather their temporality and the delays between them that are of greatest importance. In terms of hybrid immunity, the results of this study suggest that an infection between two vaccines could offer greater immunity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».