Phylogenomic characterization of the genetic diversity of Echinococcus multilocularis. : Application to the study of French patients with alveolar echinococcosis.
Notice bibliographique
Résumé
L’échinococcose alvéolaire (EA) est une maladie zoonotique grave reconnue comme maladie infectieuse émergente par l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé). Elle est due à une infection par le métacestode d’Echinococcus multilocularis, parasite intestinal dont les principaux hôtes définitifs sont le renard et le chien.Le parasite est présent uniquement dans l’hémisphère nord avec une aire de répartition allant du Canada à la Russie en passant par la Chine et le Japon. En France, la maladie est historiquement associée à une zone endémique alpine (Doubs, Jura, Haute-Savoie) étendue par la suite au Grand-Est. Cependant, depuis les années 1990, de nouveaux cas apparaissent en dehors de cette zone. Cet élargissement est également observé en Europe, tant en ce qui concerne la présence du parasite dans la faune sauvage que la maladie elle-même.Afin de mieux comprendre l’origine de ces souches, une méthode précise de génotypage est nécessaire. Cependant, les méthodes actuelles manquent soit de précision (séquençage de 2/3 gènes mitochondriaux) soit de reproductibilité (caractérisation d’un microsatellite multilocus nucléaire répété en tandem, EmsB).Dans ce contexte, ce travail de thèse a consisté à développer une nouvelle méthode de génotypage en utilisant les techniques de séquençage haut-débit pour la reconstruction complète du génome mitochondrial d’E. multilocularis. Cette technique a été utilisée pour la caractérisation de 57 souches issues de prélèvements de patients français diagnostiqués entre 1987 et 2022. Ces données ont été confrontées à un panel de 56 souches d’origine humaine ou animale, de tous les continents touchés par l’EA.L’analyse phylogénétique de ces données a permis de retrouver la structure cloisonnée entre les haplogroupes « européen », « asiatique » et « arctique », mais également un potentiel autre haplogroupe « mongol ». Chez les patients français, trois sous-haplogroupes ont été mis en évidence. L’un de ces sous-haplogroupes rassemblait toutes les souches isolées chez les patients du nord-ouest de la France mais également des souches suisses, suédoises, polonaises et nord-américaines. La présence d’un unique haplotype dans le quart nord-ouest de la France semble témoigner d’une diffusion récente du parasite.Des études plus poussées (séquençage complet du génome nucléaire, transcriptomique) de ce sous-haplogroupe pourrait permettre de mieux comprendre les raisons de son expansion récente. Par ailleurs, cette nouvelle méthode de séquençage pourrait devenir le nouveau standard pour la caractérisation génotypique du parasite et offrirait de nouvelles perspectives quant à la compréhension de sa structure de population sur d’autres terrains d’étude (Chine, Amérique du Nord, ...).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».