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Enregistrement W4414924542 · doi:10.1101/2025.10.07.680965

<i>In silico</i> Neutron Relative Biological Effectiveness Estimations For Pre-DNA Repair And Post-DNA Repair Endpoints

2025· preprint· en· W4414924542 sur OpenAlexaff
Nicolas Desjardins-Proulx, J. Kildea

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomainePhysics and Astronomy
ThématiqueNuclear Physics and Applications
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMonte Carlo methodNeutronRelative biological effectivenessDNA damageEnergy (signal processing)Dynamic Monte Carlo method

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract A comprehensive understanding of the energy-dependent stochastic risks associated with neutron exposure is crucial to develop robust radioprotection systems. However, the scarcity of experimental data presents significant challenges in this domain. Track-structure Monte Carlo simulations with DNA models have demonstrated their potential to further our fundamental understanding of neutron-induced stochastic risks. To date, most track-structure Monte Carlo studies on the relative biological effectiveness (RBE) of neutrons have focused on various types of DNA damage clusters defined using base pair distances. In this study, we extend these methodologies by incorporating the simulation of non-homologous end joining (NHEJ) DNA repair in order to evaluate the RBE of neutrons for misrepairs. To achieve this, we adapted our previously published Monte Carlo DNA damage simulation pipeline, which combines condensed-history and track-structure Monte Carlo methods, to support the standard DNA damage (SDD) data format. This adaptation enabled seamless integration of neutron-induced DNA damage results with the DNA Mechanistic Repair Simulator (DaMaRiS) toolkit. Additionally, we developed a clustering algorithm that reproduces pre-repair endpoints studied in prior works, as well as novel damage clusters based on Euclidean distances. The neutron RBE for misrepairs obtained in this study exhibits a qualitatively similar shape as the RBE obtained for previously reported pre-repair endpoints. However, it peaks higher, reaching a maximum RBE value of 23(1) at a neutron energy of 0.5 MeV. Furthermore, double-strand break (DSB) pairs with a separation distance of 11 nm better matched the RBE for misrepairs than did the DSB clusters defined with base pair distances that were used in previous in silico neutron RBE studies. These results suggest that there are some features to the spatial distribution of neutron-induced DNA damage that are best characterized either by explicit repair mechanism simulations or by cluster analysis based on Euclidean distances.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,834
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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