Brain region and cell type-specific DNA methylation profiles in association with ADHD
Notice bibliographique
Résumé
Previous studies identified DNA methylation (DNAm) associations with ADHD in peripheral tissue and the brain. Given that DNAm is highly cell type-specific, it is crucial to understand which cell types are driving the DNAm differences observed in ADHD. Here, we report the first brain cell type-specific epigenome-wide association study (EWAS) for ADHD (25 individuals with ADHD, 33 individuals without ADHD) in postmortem anterior cingulate cortex (ACC) and caudate nucleus (CN) based on epigenomic deconvolution. We identified distinct cell type-specific DNAm patterns in both brain regions. On the single site level, we identified significant associations with ADHD in microglia. We identified that in the ACC most differentially methylated regions (DMRs) differences were driven by glutamatergic neurons, whereas differences in the CN were mainly driven by GABAergic neurons. Enrichment of DMRs implicated genes involved in brain development, both in bulk and on the cell type-specific level. Genome-wide DNAm differences in microglia and GABAergic neurons were enriched in genetic risk variants for ADHD. Lastly, the results of EWAS were dependent on cell type reference panels used in statistical analyses. Altogether, these results could provide new insights into the molecular mechanisms underlying ADHD and considerations for EWAS in brain tissue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».