Proximity Labelling Identifies Proteins Associated with HSV-2 pUL21 at Early and Late Times After Infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract pUL21 is a conserved and multifunctional alphaherpesvirus tegument protein that is critical for both early and late stages in the herpes simplex virus type 2 (HSV-2) replication cycle; however, how pUL21 participates in these activities is poorly understood. To help elucidate the role of pUL21 in these various activities, we used a proximity-dependent biotin identification (BioID) approach by constructing an HSV-2 strain encoding pUL21 fused to the non-specific biotin ligase, miniTurbo (pUL21mT). Cells infected with this strain were treated with exogenous biotin at early and late times post-infection and biotinylated proteins were affinity-purified and identified by mass spectrometry. This approach enabled the identification of many viral and cellular proteins in proximity to pUL21mT at late times after infection, including those involved in cell adhesion and junction organization, as well as components of the spliceosome and the nuclear envelope. We also utilized this system to identify proteins in proximity to tegument-delivered pUL21mT immediately following viral entry, thereby providing a comprehensive profile of pUL21 proximal interactors at both early and late stages of infection. These proximal interactions were further validated by pUL21 affinity purification experiments, which confirmed that many viral and cellular proteins identified by BioID associate with pUL21. These findings provide insights into the role of HSV-2 pUL21 during infection and highlight BioID as a powerful tool for investigating virus-host interactions at multiple stages of infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».