<i>Cenchrus purpureus</i> and <i>Cenchrus americanus</i> repeatome provide chromosomal markers to distinguish subgenomes
Notice bibliographique
Résumé
Cenchrus L. is an important genus within the family Poaceae, comprising species of agronomic importance, such as Cenchrus purpureus and Cenchrus americanus. Cenchrus americanus is a diploid species (2 n = 2 x = 14, AA genome), while C. purpureus is an allotetraploid (2 n = 4 x = 28, A′A′BB genome). The A′ subgenome is proposed to be homeologous to and possibly derived from the A subgenome, while the origin of the B subgenome remains undefined. Despite their distinct subgenomic compositions, both species exhibit a high level of genome homology. This study aimed to characterize and compare the repetitive genome fraction of C. purpureus and C. americanus using genome skimming and a graph-based clustering approach, as well as in situ hybridization. The repetitive genome fraction of C. purpureus and C. americanus corresponds to 52.23% and 76.82%, respectively. The most abundant repetitive elements in both species are the LTR retrotransposons. Satellite DNA sequences correspond to 2.55% and 4.17% of the species’ genome, respectively. Four new satellite sequences were identified as A, A′, and B subgenome-specific sequences, along with new centromeric variants. The ancestral relationship and the polyploidization–diploidization cycles played a fundamental role in the composition of their repetitive fraction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».