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Enregistrement W4415325632 · doi:10.1101/2025.10.16.25338140

Dietary bioactives increase gut microbiome diversity and alter host and microbial metabolite profiles

2025· preprint· W4415325632 sur OpenAlexaff
Anthony Duncan, Federico Bernuzzi, Jennifer Ahn‐Jarvis, Liangzhi Zhang, Daniela Segovia-Lizano, Janis R. Bedarf, Duncan Y. K. Ng, George M. Savva, Jan Stanstrup, Lars Ove Dragsted, Falk Hildebrand, Μαρία Τράκα

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2025
Typepreprint
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensCentre for Movement Disorders
Organismes subventionnairesHorizon 2020 Framework ProgrammeBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesEuropean CommissionUK Research and Innovation
Mots-clésMicrobiomeGut floraMetaboliteMediterranean dietFecesGut microbiomeMetabolomeHost (biology)Dietary fibre

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objective Dietary bioactives have been associated with positive health effects such as cardiovascular health, or having anti-diabetic properties. Many bioactive compounds survive digestion arriving in the colon, where the gut microbiome can further metabolise them to forms more available to the host. Previous work has shown diets such as the Mediterranean diet, enriched in plant bioactives, affecting the composition and diversity of the gut microbiome. However, it is unclear which factors in such whole diet interventions underlie these changes, such as the bioactives themselves, the percentage of dietary fibres or macronutrient composition. In the Dietary BIoactives and Microbiome DivErsity (DIME) study we investigated the impact of a diet rich in a wide range of plant bioactives compared to a low bioactive diet with matched total fibre intake. Design We conducted a randomised crossover intervention trial to assess alterations to the gut microbiome, urinary and faecal metabolites in 20 healthy subjects receiving two-week high- or low-bioactive diets, separated by a 4-week washout period. Macronutrient and total fibre content was carefully matched between diets. Results Alpha diversity of both microbial taxa and function increased in the high bioactive diet. Microbiome compositions between participants appear more similar after the high bioactive diet than low, suggesting that the high bioactive diet selected for bacteria with a similar functional spectrum. Both faecal and urinary metabolites were strongly impacted by the diet intervention, including o-coumaric acid, theobromine, and secondary bile acids. Metabolite profiles were more strongly associated to the dietary intervention arms than microbiome profiles, suggesting that a diet high in bioactives may change the activity of the existing community despite only small shifts in community composition. Conclusion High intake of dietary bioactives leads to significant changes in both microbial and host metabolite profiles. However, the shift in microbiome composition was substantially less pronounced, highlighting the need of future studies to investigate metabolic activities instead of taxonomic compositions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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