Neutrophil proteins as potential biomarkers for a sputum-based tuberculosis screening test
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: The development of a rapid and affordable assay to screen participants for Q12 additional testing could streamline TB screening in resource-limited settings and for community-wide health screens. Sputum remains the primary testing sample, making it potentially ideal for a screening testing. Neutrophils are highly expanded in sputum from individuals with pulmonary TB with high specificity and have potential as a biomarker for TB. Methods: Three neutrophil associated proteins, neutrophil gelatinase associated-lipocalin (NGAL), the protein heterodimer S100A8/A9 and the protein death ligand-1 (PDL-1), were measured in presumptive TB cases from participants attending a primary healthcare clinic in Durban, South Africa, using commercially available ELISAs on a total of 79 participants from a 109-participant cohort. Participants with microbiologically confirmed TB were sampled after 1 month of treatment. Proteins were also measured in tongue swab samples in participants from this cohort at baseline. Baseline results were confirmed in a second TB cohort which recruited a total of 51 participants with presumptive TB from the Western Cape. Finally, we investigate sputum neutrophil protein levels in individuals with community diagnosed asymptomatic TB. Results and discussion: Significant increases in all proteins were detectable in sputum from clinic-diagnosed TB participants relative to symptomatic controls. Performance approached the WHO target product profile for a TB triage test, with ROC AUCs reaching 0.866 (with a 95% confidence interval of 0.7683 - 0.9633) in the case of S100A8/A9. Sputum protein levels did not correlate with bacterial burden and did not consistently decrease following one month of drug therapy. Only PDL-1 was detectable in mouth swab samples. Sputum neutrophil proteins tended to be elevated in participants with asymptomatic community diagnosed TB, as compared to asymptomatic community controls within the Vukuzazi cohort using a sample size of 42 participants, although this was not significant. This study provides a proof of principle that neutrophil proteins can be easily measured in standard sputum samples and have potential as a screening test for TB. However, more work is needed to explore whether this approach, using these three neutrophil proteins, can meet the WHO target product profile for a triage test worth developing further.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».