How Sodium and Calcium Ions Pass Through Batrachotoxin-Bound Sodium Channel
Notice bibliographique
Résumé
Steroidal sodium channel agonist batrachotoxin (BTX), one of the most potent animal toxins, dramatically increases calcium permeation and alters other channel characteristics. In a cryoEM structure of rat sodium channel Nav1.5 with two BTX-B molecules, one toxin binds between repeats III and IV and exposes to the pore lumen two oxygen atoms and protonatable nitrogen. The mechanism of ion permeation and selectivity in BTX-bound channel is unclear. Here Monte Carlo energy-minimized profiles of sodium and calcium ions pulled through the pore were computed in models with various protonated states of the DEKA lysine and BTX-B. The only model where the ions readily passed by the DEKA lysine and BTX-B involved their deprotonated nitrogens. In this model, electronegative atoms of BTX-B attracted a permeant cation that stabilized the "dunked" lysine through electrostatic interactions and nearby water molecules. This would retard reprotonation of the lysine and its "uplifting" to the DEKA carboxylates, which otherwise attracts calcium. The results suggest how sodium and calcium ions pass through BTX-bound sodium channel and why BTX increases calcium permeation. The study supports an earlier hypothesis that during the sodium ion permeation cycle, the DEKA lysine alternates between uplifted and dunked conformations in the protonated and deprotonated states, respectively, while the sodium-displaced proton and the sodium ion nullify the net electrical charge at the DEKA region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».