Identification of the tetraspanin gene family in sugarcane and its response to sugarcane mosaic virus infection
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Sugarcane mosaic virus (SCMV, Potyvirus ) causes mosaic diseases and seriously threatens sugarcane production. Potyviral 6K2 protein plays a key role in viral infections. We previously screened a tetraspanin (TET)-like protein that interacts with SCMV-6K2 from a sugarcane cDNA yeast library. Although TETs have been extensively studied in response to viral infections in animals, the TET gene family in sugarcane and its role in SCMV infections remain largely unknown. This study aimed to identify the TET genes in sugarcane and determine their response to SCMV infection. Methods We employed genome-wide identification, phylogenetic analysis, real-time quantitative PCR (RT-qPCR), subcellular localization, and multiple protein–protein interaction assays to characterize TETs and their interactions with viral 6K2 proteins. Results We identified 35, 113, 73, and 17 TETs in the genomes of Saccharum sp ontaneum , sugarcane cultivar R570, sugarcane cultivar Xintaitang 22 (XTT22), and Nicotiana benthamiana , respectively. Phylogenetic tree analysis classified the TETs into nine distinct groups. Nine TET genes were cloned from XTT22 and designated ScTET2 , ScTET8 , ScTET13 , ScTET23 , ScTET34 , ScTET55 , ScTET67 , ScTET78 , and ScTET96 . RT-qPCR demonstrated the differential expression of these genes following SCMV infection. Furthermore, subcellular localization assays revealed that they were mainly localized to the plasma membrane (PM), except for ScTET2 and ScTET8, which were localized in the cytoplasm and formed irregular spherical structures of different sizes. Yeast two-hybrid (Y2H), bimolecular fluorescent complementation, and luciferase complementation assays revealed extensive interactions between the ScTETs and SCMV-6K2, primarily in the PM. Y2H assays also showed that TETs of Arabidopsis and N. benthamiana extensively interacted with the 6K2 protein of turnip mosaic virus. Discussion This study reveals a potential mechanism by which potyviruses employ 6K2 to interact with TETs to establish infection in host plants, thus highlighting potential molecular targets for engineering sugarcane resistance against SCMV.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».