Binding of Tetrapentylammonium to a c‐MYC G‐quadruplex Depicted through NMR and Volumetric Assessment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We recently have demonstrated that, their structural simplicity notwithstanding, tetraalkylammonium (TAA + ) ions, i.e ., [H(CH 2 ) n ] 4 N + , strongly stabilize the parallel c‐MYC G‐quadruplex while not affecting the thermal stabilities of the antiparallel human telomeric G‐quadruplex or duplex DNA. In the present work, we expand on our discovered paradigm of topology‐selective G‐quadruplex recognition by performing NMR spectroscopic and volumetric characterization of the complex between tetrapentylammonium (TPeA + ) and the c‐MYC G‐quadruplex. The binding of TAA + to the c‐MYC G‐quadruplex is optically silent, which necessitates the use of nonoptical observables, such as density and sound velocity. Our NMR results revealed that TPeA + forms a stable complex with the c‐MYC G‐quadruplex in which the ligand is positioned above the G9‐G13‐G18‐G22 quartet and is surrounded by the 3′‐(T23‐A24‐A25) flanking region. We used our densimetric and ultrasonic velocimetric results to calculate changes in volume, ΔV, and adiabatic compressibility, ΔK S , accompanying the binding of TPeA + to the c‐MYC G‐quadruplex. We rationalized these volumetric properties to determine binding‐induced changes in hydration of the associating molecules and the internal dynamics of the host G‐quadruplex. In general, the structural and physico‐chemical insights emerging from this work lay the foundation for further studies of TAA + ‐based compounds as a possible starting point for designing topology‐sensitive G‐quadruplex‐binding agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».