Real-time PCR assay design and validation for Prevotella bivia, Peptostreptococcus anaerobius, and Dialister micraerophilus, bacteria associated with increased HIV susceptibility
Notice bibliographique
Résumé
Many genital anaerobes, including Prevotella bivia , Peptostreptococcus anaerobius , and Dialister micraerophilus , are underexplored despite being Bacteria Associated with HIV Seroconversion, Inflammation, and immune Cells (BASICs). This is partly due to the lack of molecular tools for their detection and quantification. To address this gap, we designed and validated three real-time qPCR assays for rapid and cost-effective analysis. qPCR assays were designed based on the species-specific core genomes of the three target genital anaerobic species. Assay sensitivity, specificity, and quantification characteristics were assessed using a synthetic oligonucleotide and DNA extracted from closely related species ( n = 27–42) and human urogenital swabs ( n = 111–114). The resultant assays demonstrated 100% sensitivity and specificity for bacterial isolates and high sensitivity (94.6%-97.7%) and specificity (92.8%-95.7%) for human urogenital swabs. The linear dynamic range was 5.0 × 10 1 to 1.0 × 10 7 copies/µL for P. bivia and D. micraerophilus assays, and 2.5 × 10 2 to 1.0 × 10 7 copies/µL for the P. anaerobius assay. Assay efficiency ranged from 99.0% to 112.0%. These assays provide a highly sensitive and specific method for the analysis of bacterial isolates, urogenital samples, and in vitro or ex vivo experiments, which can enhance our understanding of the epidemiology, clinical impact, and biology of key genital anaerobes associated with HIV risk.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».