Conservation and Remodeling of Alternative Splicing Landscapes in the Evolution of Panax
Notice bibliographique
Résumé
Alternative splicing (AS) is a widely recognized post-transcriptional regulatory mechanism that plays a crucial role in plant evolution and environmental adaptation. In this study, five representative Panax species were systematically analyzed to examine the evolutionary conservation and functional characteristics of AS events. Results revealed an expansion in the number of AS events and associated genes across the Panax species, accompanied by a genome-wide shift in splicing types from a dominance of intron retention (IR) to an increase in exon skipping (ES), alternative donor (A5), and alternative acceptor (A3) events. Splicing preferences were also found to diverge among allotetraploid species, which exhibited more complex AS patterns. The genomic features of IR and ES events, such as GC content and length of the sequence involved in AS, were highly conserved among Panax species of different ploidy levels (diploid vs. allotetraploid). Genes harboring conserved IR events across all five species were identified, and functional annotation indicated that these genes are primarily involved in chromatin modification and RNA splicing-related processes. This study elucidates the dynamic remodeling of AS during the evolution of Panax and provides important insights into the evolutionary adaptive mechanisms of AS in plants.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».