Homeostatic set-points are physical and foundational to organism autonomy
Notice bibliographique
Résumé
Living systems pose the problem of how a physical system not only maintains itself in a ‘far from equilibrium’ state, but how it determines what state that should be and how it could take the initiative over setting the state, in an act of autonomy that confounds standard physical description. Here I show that the homeostatic set-point is physical information embodied in the structure of evolved enzymes, acting through a series of code and cypher transformations from gene translation, through single molecule dynamics, reaction kinetics, to control system topology and finally physical control. In ‘kinetic regulation’, network topology is determined by the parameters of reaction kinetics and jointly with them, specifies the set-point. Control is added via allosteric manipulation of enzymes based on evolved, not physically inevitable, relationships with effector molecules. This way, enzyme properties alone can determine the set-point. Thus the allosteric enzyme is to homeostasis what the adaptor molecule is to biological code. All the parameters of biochemical regulation result from the way protein structure determines binding affinity and dissociation rates via the shape of electrical forcefields, especially around active sites and effector pockets. In general, the set-point is a highly evolved phenotype having a complicated, but logically inevitable dependence on genotype. By embodying particularising information (the set-point) and using it to do organisational work (homeostasis), even the simplest living system enacts cybernetic independence, characterised by goal-directed behaviour, not found in natural abiotic systems. • Homeostatic set-points are information encoded by system topology plus molecular form. • System topology is encoded by molecular forms fitting together like jigsaw pieces. • Molecular forms are physical information translated by genetic code and folding. • Allosteric enzymes are to homeostasis what adaptor molecules are to biological code. • Set-points are the primary physical information of self-control in living systems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,017 |
| Communication savante | 0,006 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».