Isolation of Clostridioides difficile from the feces of equids and ruminants in a teaching veterinary hospital
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT: Clostridioides difficile is an important enteropathogen in humans and multiple animal species. This study determined the fecal occurrence of C. difficile in hospitalized or healthy equids and ruminants at a veterinary teaching hospital. A total of 84 fecal samples from ruminants and equids and ten environmental swabs were collected. The samples were cultured under anaerobic conditions to isolate C. difficile. DNA was extracted from C. difficile colonies and subjected to multiplex PCR to identify toxin-coding genes. The isolates were ribotyped, with the toxigenic isolates and one selected non-toxigenic isolate submitted for whole-genome sequencing. C. difficile was isolated from 10/84 (12%) of the fecal samples, of which one bovine isolate was toxigenic (A+B+ CDT -), classified as RT 046/ST35/clade 1, and carried five antimicrobial resistance genes (ermB, tetA, tetB, tetM, and inuP). Although, the occurrence of toxigenic strains was low, the study identified isolates kept in the hospital environment, highlighting the need for preventive measures, especially due to the presence of numerous animals undergoing antimicrobial therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».