Time-resolved fluorescence of tryptophan in biophysical chemistry and pharmaceutical research – the pleasures and nightmares dealing with nature’s own fluorophore
Notice bibliographique
Résumé
Time-resolved (TR) intrinsic fluorescence of tryptophan (Trp) provides a wealth of information on the structure and localization of proteins and peptides and their interactions with one another, with drugs, lipid membranes, lipid- and surfactant-based drug delivery systems, et cetera. Intrinsic Trp eliminates the need for labeling and avoids the perturbation of the system by the label; introduced Trp is a rather conservative and small label compared to others. Whereas custom-tailored fluorophores are often optimized for a special technique, Trp can be employed to monitor a wide variety of effects. We address interactions of Trp with surrounding molecules, dynamic quenchers and Förster resonance energy transfer (FRET) acceptors that affect the fluorescence decay. Speed and range of angular motion of Trp are characterized by TR anisotropy. Electrostatic interactions of Trp with charged and polar molecules, including water, are monitored by decay-associated spectra (DAS) or TR emission spectra (TRES) and quantified in terms of TR shifts of the spectral center of gravity. This versatility is a great advantage and, at the same time, comes with a complexity of the behavior that can render it a challenge to interpret the data in detail properly. This review provides an overview of applications of TR fluorescence of Trp bulk samples in biomolecular, biophysical, and pharmaceutical studies. The aim is not only to point out the diversity of the read-out of these techniques, but also critically examine their current use. Therefore, we identify most common technical pitfalls and evaluate the degree of reliability of the interpretational approaches. This should aid a more extensive and meaningful use of TR fluorescence of Trp.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».