Large Inversion Polymorphisms are Widespread in North American Songbirds
Notice bibliographique
Résumé
The prevalence and evolutionary importance of inversion polymorphisms in natural populations is poorly known because of limited genome-wide sequence data availability for most species. Inversion studies in wild populations usually target rare cases of major trait polymorphisms or local adaptation whose genetic basis involves inversions, creating a strong impression that inversions in nature are generally maintained by natural selection through links to ecologically relevant phenotypes. By contrast, genome-wide studies in humans and model organisms suggest that inversion polymorphisms are common, subject to highly complex evolutionary processes, and generally difficult to link with clearly observable cases of phenotypic variation. Using a large comparative population genomic dataset generated from 35 codistributed species of birds, we tested the hypothesis that inversions are common even within populations that lack known phenotypic polymorphisms. We leveraged analytical methods suitable for low-coverage whole genome sequencing to reveal evidence for over 170 putative inversion polymorphisms within 28 species. We find that many polymorphisms are large and present at balanced frequencies, and some are shared across species boundaries. Yet, most polymorphisms do not deviate significantly from Hardy-Weinberg Equilibrium, raising the possibility that many of these massive haploblocks could be segregating neutrally. Our results thereby reveal evidence that inversions show a variety of complex yet largely hidden patterns in natural populations, beyond cases where they contribute to known variation in ecologically relevant traits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».