Century-old ethanol-preserved Vega Collection reveal the unexpected phylogeography of Slender bitterling <i>Tanakia lanceolata</i> in Japan
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Recent genetic advancements offer new opportunities for studying natural history museum collections. The genetic analysis of century-old aquatic animal specimens, mostly preserved in ethanol, can provide valuable insights into the changes in genetic diversity caused by anthropogenic impacts. However, knowledge of the characteristics of degraded DNA from such specimens remains limited. In this study, we evaluated the DNA quality of bitterling fish, Tanakia lanceolata (Temminck and Schlegel), collected during the Vega Expedition in Japan in 1879 and preserved in ethanol. We then performed genomic analysis to test its hypothesized translocation-involved population history. The historical DNA was degraded, peaking around 50 bp, but a minor fraction exceeded 300 bp. Mitochondrial genetic analysis revealed high genetic similarity between the eastern and western sides of the Central Highland, typically impeding the dispersal of primary freshwater fish. These findings suggest an unexpected dispersal ability in T. lanceolata or undocumented translocations before the large-scale domestic translocations recorded since the 1910s. The customized workflow for historical ethanol-preserved specimens, based on historical DNA quality in this study, provides a foundation for studying historical archives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».