The genome of <i>Istocheta aldrichi</i> (Diptera: Tachinidae), a parasitoid of the Japanese beetle, <i>Popillia japonica</i> (Coleoptera: Scarabaeidae)
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Istocheta aldrichi Mesnil 1953 (Diptera: Tachinidae), is native to Japan, and has recently become an important biological control agent of the Japanese beetle, Popillia japonica (Coleoptera: Scarabaeidae), a pest with >300 host plants, including roses, linden trees, and numerous agricultural crops. During the past decade, I. aldrichi ’s range has greatly expanded across North America, particularly in Quebec and Ontario, Canada, and in the Midwest U.S. In many areas, including Minnesota, 15-60% of Japanese beetles are parasitized by I. aldrichi , highlighting its importance as a natural enemy. To facilitate research on I. aldrichi and other tachinid flies we present a reference genome generated from a single individual. The final genome assembly is 875.3 Mbp contained in 1,041 scaffolds, with an N50 of 4.77 Mbp, and 99.5% complete Diptera BUSCOs present. We also present a complete mitogenome and use comparative genomics across 19 tachinid species to identify unique features of I. aldrichi . Specifically, we find that while many tachinid lineages have experienced contractions in gene families, I. aldrichi is characterized by a relatively high number of gene family expansions, many of which are predicted to function in metal ion transport. Tachinids as a whole have undergone rapid copy number changes in 935 gene families, largely related to metabolism and morphogenesis. The I. aldrichi reference genome will further research opportunities on these parasitic flies, including their potential for biocontrol of P. japonica . ARTICLE SUMMARY The parasitic fly Istocheta aldrichi attacks and kills the Japanese beetle ( Popillia japonica ), a pest of more than 300 plants. There is potential to leverage I. aldrichi for biological control of the beetle, but application is hindered by a limited understanding of this fly’s biology. This reference genome for I. aldrichi will enhance research future efforts and our ability to manage P. japonica .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».