128 Enabling sensitive and reproducible functional profiling for immuno-oncology research on the CyTOF XT PRO mass cytometer
Notice bibliographique
Résumé
Background Reproducible immune profiling is crucial for translational and clinical research and for developing accurate prognoses and effective treatments. Reproducibly identifying low-expressing targets and rare functional populations is challenging with fluorescence flow cytometry due to spectral spillover, autofluorescence and unmixing errors, issues not present with mass cytometry. Further, multiple workflows in mass cytometry provide flexibility and minimize technical variation, including the abilities to freeze metal-tagged antibody cocktails, barcode samples and freeze stained samples for future acquisition. The goal of this study was to assess the consistency and robustness of mass cytometry across various staining and acquisition workflows.Methods Human whole blood and PBMC samples were stained with antibody panels containing up to 50 surface and intracellular markers for phenotyping and functional profiling via checkpoint markers and cytokines. Stained samples were frozen and acquired on a later date using three CyTOF™ XT PRO and three CyTOF XT systems to assess repeatability and reproducibility, and to ensure data quality was not compromised when samples were acquired at 2x and 4x speeds with the CyTOF XT PRO system.Results Both systems were highly repeatable and reproducible across multiple instruments. Cell population frequencies and signal intensities were not significantly different between the two CyTOF systems. Both systems had high sensitivity and dynamic range for abundant and low-abundance markers to accurately identify T helper cell populations. Furthermore, opt-SNE analysis revealed that the enhanced throughput of the CyTOF XT PRO system retained clear visualization of major immune subsets and striking functional diversity in high-dimensional space.Conclusions Overall, these studies demonstrate that CyTOF XT and CyTOF XT PRO systems generate highly repeatable and reproducible data. Moreover, the CyTOF XT PRO system enables acquisition at up to 4x increased event rate without compromising data quality. Automated acquisition by the CyTOF XT PRO system enables researchers to accurately and reproducibly streamline human immunophenotyping and functional profiling, leading to accelerated biological insights and discoveries.For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,026 | 0,014 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».