Genomic Discovery of Taxon-Specific Molecular Markers for <em>Lactobacillaceae</em> Genera
Notice bibliographique
Résumé
Background: Members of the family Lactobacillaceae, comprising 36 genera, play vital roles in food fermentation (e.g., wine, yogurt, and cheese production) and contribute significantly to human health through their probiotic properties. Despite their importance, species from different genera are primarily distinguished by phylogenetic clustering and genomic similarity matrices, and no consistent molecular, biochemical, or physiological traits are known that are uniquely found in species from different genera. Methods: To address this limitation, we conducted comprehensive phylogenomic and comparative analyses of protein sequences from 410 publicly available Lactobacillaceae genomes. Results: Based on these analyses, we identified 167 novel conserved signature indels (CSIs) in proteins involved in diverse cellular functions, each specific to a particular genus within the Lactobacillaceae family. These taxon-specific CSIs serve as robust molecular markers for genus-level differentiation and have potential applications in functional and diagnostic studies. Using these markers and the AppIndels.com server, we successfully predicted the genus-level affiliation of 111 uncharacterized Lactobacillus isolates. Structural analysis of representative CSIs from four genera revealed their consistent location in surface-exposed protein loops, suggesting possible roles in genus-specific protein–protein or protein–ligand interactions. Conclusions: The identified CSIs provide novel molecular markers for the robust differentiation of species from different Lactobacillaceae genera, offering new tools for exploring the functional traits unique to each genus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».