ERV3-MLT1 provides cis-regulatory elements for human placental functioning and are commonly dysregulated in human-specific preeclampsia
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Owing to their transcription factor binding sites, endogenous retroviruses (ERVs) can act as cis-regulatory-elements (CREs). By invading genomes in waves, ERVs offer a substrate for lineage-specific adaptations but also, when dysregulated, for lineage-specific disorders. Their role as CREs in rapid placental evolution, and in the human-specific placental disorder preeclampsia, may thus provide a paradigmatic exemplar. Here then we systematically identify ERV-derived CREs controlling human placental gene expression with dysregulation in preeclampsia. RESULTS: We identify 87 ERV-derived CREs located upstream of genes expressed in the placenta. A subset of nine, all belonging to the ERV3-MLT1/2 families and dating to the mouse-human common ancestor, are consistently dysregulated in trophoblasts from preeclampsia samples. Of the nine ERV3-MLT1-linked genes dysregulated in preeclampsia, five are novel candidates, while four were previously associated with preeclampsia, though their ERV-based regulation was not recognized. Focusing on EPS8L1, we predict enhancer activity of upstream MLT1(G1) and validate using reporter assay and genome editing. This vertebrate-specific gene is expressed in progenitor cytotrophoblasts and syncytiotrophoblasts and is overexpressed in preeclampsia, correlating with preeclampsia biomarkers and is not elevated in related pregnancy disorders. A soluble form of EPS8L1 is detectable in maternal plasma as early as between 24 weeks of gestation. EPS8L1 knockout in trophoblast in vitro is lethal, and its overexpression alters trophoblast behaviors characteristic of preeclampsia. CONCLUSIONS: We conclude that ERV3-MLT1functions as a trophoblast-specific CRE for several human genes and may be dysregulated in preeclampsia. As EPS8L1 has a form in maternal circulation, it may have utility in diagnostics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».