Chromosome-scale assembly of European flax (Linum usitatissimum L.) genotypes and pangenomic analysis provide genomic tools to improve breeding
Notice bibliographique
Résumé
Decoding the genome of cultivated species is one of the key starting points for supporting marker-assisted selection to accelerate breeding programmes. To date, five to six flax genotypes, including fiber flax, linseed and related wild flax, mainly from Canada, China and Russia, have been sequenced and assembled. But no genome assembly was available for Western European flax cultivar, although France is the world's leading producer of fiber flax (85% of world production). The Canadian oilseed flax cultivars CDC Bethune have been mainly used as reference for studies and breeding activities. The best assembly to date was the Chinese fiber Yiya5 assembly, which had the best metric of all the flax genome assemblies available. Recent analyses have shown that up to 30% of fiber flax reads from different origins do not map to the oilseed genome. Thus, much genetic information could be neglected using the oilseed genome as a reference. In this study, we sequenced, assembled and annotated the genomes of four European flax cultivars (two fiber Bolchoï and Idéo; two oilseed Marquise and Attila) and present the first flax pangenome. ONT Minion long reads sequence data were -assembled using Flye, -polished, validated and organised into hybrid scaffolds using optical map data (Bionano Genomics), and finally anchored into fifteen T2T pseudomolecules for each genotype using the fiber flax Yiya5 assembly. The final genome size reached 437, 441, 442 and 453 Mb for Idéo, Marquise, Attila and Bolchoï, respectively. Approximately 47,000 protein-coding genes were annotated for each genotype. For the first time, a pangenome graph were constructed for ten flax cultivars, including our four assemblies and six publicly available assemblies (CDC Bethune, Longya10 and Line 3896, Heiya-14, Yiya5 and Atlant). The total pangenome graph size was 835.77 Mbp with the core pangenome size of 172.2 Mbp. A total of 74,123 non-redundant orthologous proteins representing panproteome were identified. The pangenome results should be interpreted with caution given the quality of the publicly available genomes. This study with the resources generated, is a step forward for the development of genomic and genetic tools, useful for the improvement of Western European flax characterization and breeding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».