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Enregistrement W4416046134 · doi:10.1093/gbe/evaf192

Whole-Genome Sequence of <i>Potamopyrgus antipodarum</i> —A Model System for the Maintenance of Sexual Reproduction—Reveals a Recent Whole-Genome Duplication

2025· article· en· W4416046134 sur OpenAlexaff
Joseph Jalinsky, Kyle E. McElroy, Joel Sharbrough, Laura Bankers, Peter D. Fields, Chelsea Higgins, Cynthia Toll, Jeffrey L. Boore, John M. Logsdon, Maurine Neiman

Notice bibliographique

RevueGenome Biology and Evolution · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesUniversity of Colorado BoulderIowa Science FoundationIowa State UniversityColorado State University
Mots-clésAsexual reproductionGenomeSexual reproductionGenomicsGene duplicationModel organismAsexualityModel system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Key unanswered questions in biology center on the causes, consequences, and maintenance of sexual reproduction ("sex"). Genome-driven processes are central to the evolutionary and genetic mechanisms inherent to sex, making genomic resources a fundamental part of answering these questions. We present the first genome assembly for a species that is uniquely well-suited for the study of (a)sex in nature, Potamopyrgus antipodarum. This New Zealand snail is unusual in featuring multiple separate transitions from obligately sexual to obligately asexual reproduction, leading to the coexistence of phenotypically similar sexual and asexual forms, a feature that is required to directly study the maintenance of sex. These separately derived asexual lineages constitute separate evolutionary experiments, providing a powerful means of characterizing how the absence of sex affects genome evolution. Our genome assembly provides critical steps toward understanding the causes and consequences of sex in this system and important resources for the rapidly growing P. antipodarum and molluscan genomics research community. In characterizing this genome, we uncovered unexpected evidence for a recent whole-genome duplication (WGD) in P. antipodarum. This discovery sets the stage for using P. antipodarum to evaluate processes of rediploidization following WGD and to assess whether WGD might drive transitions to asexuality.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,948
Score d'incertitude au seuil0,603

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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