Neanderthal-derived variants increase <i>SOX9</i> enhancer activity in craniofacial progenitors that shape jaw development
Notice bibliographique
Résumé
Human facial appearance is a highly variable morphological trait, with both rare and common genetic variants shaping craniofacial morphology between individuals and in disease. Deletions encompassing an enhancer cluster 1.45 megabases upstream of SOX9 (EC1.45) cause Pierre Robin sequence, a craniofacial disorder characterised by underdevelopment of the lower jaw and associated with cleft palate. We hypothesised therefore that single nucleotide variants within EC1.45 may cause more subtle alterations in facial form. Leveraging recent human evolution, and the distinct jaw morphology of Neanderthals, we investigated the impact of three Neanderthal-derived variants on EC1.45 function. Using zebrafish dual enhancer-reporters, we observed higher activity of Neanderthal EC1.45 in neural crest-derived progenitor cells during a specific developmental window. These EC1.45-active cells reside proximal to and are transcriptionally related to precartilaginous condensations that contribute to craniofacial skeletal development. Mimicking the observed increase in enhancer activity, we overexpressed human SOX9 in EC1.45-active cells and detected an expanded volume of developing cartilaginous precursors. Our work implicates Neanderthal-derived variants in increasing regulatory activity for a disease-associated enhancer, with the potential to impact craniofacial morphology across recent hominin evolution.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».