A Chromosome-level Genome Assembly of the Western Nose-Horned Viper ( <i>Vipera ammodytes ammodytes</i> )
Notice bibliographique
Résumé
We present a chromosome-level genome assembly of the western nose-horned viper (Vipera ammodytes ammodytes), the most medically important viper in Europe. Using PacBio Sequel and Illumina HiSeq X Ten sequencing, we generated ∼270 Gb of data, achieving ∼131× coverage of the genome. The final assembly spans 1.55 Gb with a contig N50 of 45.9 Mb and a scaffold N50 of 210 Mb, anchored into 18 pseudo-chromosomes. Completeness was supported by recovery of 97.1% of Vertebrata BUSCOs. A total of 20,775 protein-coding genes were predicted, of which 96.6% were functionally annotated. Repetitive sequences accounted for 53.75% of the genome, dominated by LINEs (41.87%) and LTRs (14.35%). We identified 112 venom-related genes across 15 families, with expansions in SVMPs, Snaclecs, sPLA₂s, SPIs, and SVSPs, together comprising 62.5% of the venom repertoire. Chemosensory genes were also expanded, including 448 olfactory receptors, 72 taste receptors, and 29 vomeronasal receptors. This assembly represents the most complete genome resource for a true viper to date and provides a key resource for investigating venom evolution, chemosensory adaptation, and comparative snake genomics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».