Development and Application of a TaqMan‐Based One‐Step Quadruplex Reverse Transcription Real‐Time PCR (RT‐qPCR) for Differential Detection of Four Porcine Diarrhea Viruses
Notice bibliographique
Résumé
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), transmissible gastroenteritis virus (TGEV), porcine deltacoronavirus (PDCoV), and porcine rotavirus group A (PoRVA) are recognized as major enteric viral pathogens responsible for porcine viral diarrhea. These viruses exhibit similar clinical manifestations, including vomiting, diarrhea, and dehydration, which complicate differential diagnosis. Therefore, there is an urgent need for a highly sensitive and specific diagnostic method to differentiate these pathogens. In this study, we developed a TaqMan‐based one‐step quadruplex reverse transcription real‐time PCR (RT‐qPCR) assay for the simultaneous and differential detection of these four porcine diarrhea viruses. The standard curves demonstrated correlation coefficients ( R 2 ) exceeded 0.990 across a dynamic range of 10 7.5 – 10 2.5 TCID 50 /mL, and amplification efficiency ranged from 90% to 110%. The limit of detection (LOD) were 10 1.5 TCID 50 /mL. Specificity analysis showed no cross‐reactivity with other related pathogens. The assay exhibited good repeatability, with coefficients of variation (CVs) ranging from 0.15% to 1.41% for intra‐assay and 0.09% to 2.09% for inter‐assay, respectively. Finally, this method was evaluated for its practicality in the field using 348 clinical fecal samples. The positive rates of PEDV, TGEV, PDCoV, and PoRVA were 43.68%, 0.57%, 26.44%, and 33.91%, respectively. Furthermore, the coinfection rates of PEDV/PDCoV, PEDV/PoRVA, PDCoV/PoRVA, and PEDV/PDCoV/PoRVA were14.37%, 13.51%, 2.01%, and 5.75%, respectively. Compared to singleplex RT‐qPCR assays, the quadruplex method demonstrated agreement rates ranging from 99.41% to 100% in detecting these four viral pathogens. In conclusion, the developed quadruplex RT‐qPCR assay offers a reliable, sensitive, and accurate tool for the identification of four causative agents of porcine viral diarrhea, making it suitable for clinical diagnosis, disease surveillance, and epidemiological studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».