Spatiotemporal dynamics of HIV-1 transmission networks in a major migration hub: integrated phylogenetic and molecular evidence
Notice bibliographique
Résumé
Objective Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) cross-regional transmission poses a critical challenge in China, particularly in high-mobility metropolitan centers. This study aimed to characterize the transmission dynamics between Hangzhou—a megacity with 11.9 million residents (42% migrants)—and other Chinese regions using molecular epidemiology. Methods We analyzed 4,249 Hangzhou-derived and 50,898 non-Hangzhou HIV-1 pol sequences. Molecular transmission network analysis was used to identify transmission clusters, and phylogenetic and Bayesian analyses were conducted to explore lineage characteristics, origins, and expansion of major clusters. Results Molecular transmission network analysis identified 3,317 clusters, incorporating 43.5% (1,848/4,249) of Hangzhou sequences and 32.4% (16,511/50,898) of non-Hangzhou sequences. Crucially, 276 mixed-origin clusters bridged regions, comprising 1,222 (28.8%) Hangzhou and 8,954 (17.6%) non-Hangzhou individuals. Cross-regional connectivity was dominated by Shenzhen (48.1% of 46,962 edges), followed by Beijing (16.5%) and Guangzhou (7.9%). Multivariable regression revealed significantly higher odds of cross-regional connection for males versus females (aOR = 1.376, CI: 1.011–1.869, p = 0.043), homosexual transmission (aOR = 1.28, CI: 1.057–1.550, p = 0.009), non-residents (aOR = 1.207, CI: 1.040–1.402, p = 0.014), and first CD4 + T-cell count of 200–500 cells/uL (aOR = 1.348, CI: 1.057–1.718, p = 0.016). For subtypes, CRF07_BC and URF (CRF07_BC/CRF01_AE) demonstrated significant cross-regional spread versus other subtypes (aOR = 0.163–0.508, p < 0.001). Phylogenetic analysis of all Hangzhou CRF07_BC sequences identified two distinct lineages. Within the largest transmission CRF07_BC cluster, 99.5% of cross-regionally linked Hangzhou sequences (558/561) belonged to Lineage 1 indicating lineage 1 driving cross-regional spread. Bayesian dating indicated major URF clusters (HZC1-3, NHZ) originated between 2014 and 2020 (evolutionary rate: 1.73 × 10 −3 subs/site/year). Conclusion These findings identify key transmission routes connecting Hangzhou to economically developed regions and highlight CRF07_BC/URF strains and mobility as critical drivers. Targeted interventions disrupting these high-risk pathways are urgently needed to reduce regional HIV spread.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».