Evolutionary dynamics and functional characterization of Jasmonate ZIM-domain (<i>JAZ</i>) genes across <i>Camellia sinensis</i> pan-genome
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Notice bibliographique
Résumé
Jasmonate ZIM-domain (JAZ) proteins regulate critical processes in plants, including growth, development, secondary metabolism, and responses to biotic and abiotic stresses. Previous studies primarily focused on single reference genomes, neglecting gene presence-absence variations (PAV) across populations. Investigating the <italic>JAZ</italic> gene family at the pan-genomic scale is thus essential to fully understand its evolutionary and functional dynamics in tea plants. Here, 22 high-quality <italic>Camellia sinensis</italic> genomes were analyzed, and 21 <italic>JAZs</italic> exhibiting substantial presence-absence variability were identified. These included two core genes (present in all 22 genomes), three near-core genes (present in 20–21 genomes), ten dispensable genes (present in 2–19 genomes), and six private genes (unique to single genomes). Phylogenetic analysis categorized these <italic>JAZs</italic> into five distinct groups, aligning with the <italic>AtJAZ</italic> family. Selection pressure analysis revealed positive selection (<italic>K</italic>a/<italic>K</italic>s > 1) acting on <italic>CsJAZ1</italic>, <italic>CsJAZ8</italic>, and <italic>CsJAZ9</italic>, suggesting adaptive roles during tea domestication. Structural variants (SVs) significantly impacted gene expression and structural integrity; notably, <italic>CsJAZ4</italic>, <italic>CsJAZ9</italic>, and <italic>CsJAZ12</italic> exhibited differential expression when affected by SVs. RNA-seq analysis across four tissues from the 22 tea plant cultivars showed consistently high expression of <italic>CsJAZ1</italic>, <italic>CsJAZ2</italic>, <italic>CsJAZ6</italic>, <italic>CsJAZ9</italic>, <italic>CsJAZ13</italic>, and <italic>CsJAZ14</italic>, highlighting their potential fundamental roles. This study elucidates the <italic>JAZ</italic> gene family's evolutionary complexity and functional versatility within the tea plant pan-genome. These findings provide valuable insights for future research into <italic>CsJAZ</italic> functions and serve as a model for pan-genomic analyses of gene families in other plant species.
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Prédiction distillée sur la base complète
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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