Evolutionary dynamics and functional characterization of Jasmonate ZIM-domain (<i>JAZ</i>) genes across <i>Camellia sinensis</i> pan-genome
Notice bibliographique
Résumé
Jasmonate ZIM-domain (JAZ) proteins regulate critical processes in plants, including growth, development, secondary metabolism, and responses to biotic and abiotic stresses. Previous studies primarily focused on single reference genomes, neglecting gene presence-absence variations (PAV) across populations. Investigating the JAZ gene family at the pan-genomic scale is thus essential to fully understand its evolutionary and functional dynamics in tea plants. Here, 22 high-quality Camellia sinensis genomes were analyzed, and 21 JAZs exhibiting substantial presence-absence variability were identified. These included two core genes (present in all 22 genomes), three near-core genes (present in 20–21 genomes), ten dispensable genes (present in 2–19 genomes), and six private genes (unique to single genomes). Phylogenetic analysis categorized these JAZs into five distinct groups, aligning with the AtJAZ family. Selection pressure analysis revealed positive selection (Ka/Ks > 1) acting on CsJAZ1, CsJAZ8, and CsJAZ9, suggesting adaptive roles during tea domestication. Structural variants (SVs) significantly impacted gene expression and structural integrity; notably, CsJAZ4, CsJAZ9, and CsJAZ12 exhibited differential expression when affected by SVs. RNA-seq analysis across four tissues from the 22 tea plant cultivars showed consistently high expression of CsJAZ1, CsJAZ2, CsJAZ6, CsJAZ9, CsJAZ13, and CsJAZ14, highlighting their potential fundamental roles. This study elucidates the JAZ gene family's evolutionary complexity and functional versatility within the tea plant pan-genome. These findings provide valuable insights for future research into CsJAZ functions and serve as a model for pan-genomic analyses of gene families in other plant species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».