Comparative genome analysis of virulent strains of <i>Bacillus anthracis</i> causing anthrax outbreaks in animals
Notice bibliographique
Résumé
Anthrax, caused by the bacterial pathogen Bacillus anthracis, is a lethal disease affecting both livestock and humans. This study focused on the comparative whole-genome analysis of two Indian virulent Bacillus anthracis strains recovered from anthrax cases in cattle (NIVEDIAX3) and sheep (NIVEDIAX61), and their comparison with available genomes ( n = 55) in the NCBI database. Phylogenetic analysis based on average nucleotide identity clustered the 57 strains into 3 groups, with both NIVEDIAX strains grouped under Cluster II, alongside the Ames Ancestor strain. Multilocus sequence typing (MLST) assigned the strains to Bacillus cereus sequence type ST1, Bacillus anthracis core genome MLST ST284, and Bacillus anthracis plasmid ST12 based on typing scheme. A total of 5217 orthologous clusters and 468 single-copy gene clusters shared between the NIVEDIAX strains and the Ames Ancestor strain were identified. Canonical single nucleotide polymorphism (canSNP) analysis classified both strains as A.Br.003 (A.Br.Aust94 sub-lineage). Further, analysis of the 57 Bacillus anthracis genomes revealed that A.Br.003 was the most prevalent canSNP among animal isolates. In India, multiple Bacillus anthracis sub-lineages have been reported. In conclusion, the circulation of diverse Bacillus anthracis sub-lineages in livestock across Southern and Eastern states of India, was noted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».