Whole genome sequence meta-analyses reveal common and rare genetic associations with critical COVID-19
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In susceptible patients, COVID-19 causes life-threatening disease driven by immune-mediated inflammatory lung injury. We have previously shown that multiple common host genetic variants are significantly associated with susceptibility to critical Covid-19, 1;2;3 and in one case, we demonstrated that such variants can inform development of new, effective drug treatment 1;4 . Here we report an association analysis of whole-genome sequences (WGS) from 11,423 cases from the GenOMICC study and 60,628 controls, together with meta-analyses with available genome-wide data (Fig. 1). We identify a rare association signal at SLC50A1 , primarily driven by a missense variant rs147850817 (1:155138217:G:T, Arg201Leu) that may interfere with transport function, and we identify four common association signals near ARF1, ZNF462, KLF13 and MVP genes. Finally, we build a WGS-derived polygenic risk score (PRS) for critical Covid-19, which offers only marginal improvement in risk estimation for the general population but may provide clinically-valuable discrimination for extreme susceptibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».