Widespread association of Polycomb complex–deposited histone H2A monoubiquitylation with enhancers and neuronal gene regulation
Notice bibliographique
Résumé
Disruption of histone H2A monoubiquitylation (H2AK119ub) causes neurodevelopmental disorders through poorly understood mechanisms. Polycomb complex–deposited H2AK119ub and trimethylation of histone H3 at lysine 27 (H3K27me3) can cooperatively maintain gene repression. However, the extent to which H2AK119ub functions independently of H3K27me3 to repress or potentiate gene expression, and the evolutionary conservation of these roles, remains unclear. Here, we address the interplay among Polycomb-deposited marks and chromatin states in Caenorhabditis elegans embryos. We find that H2AK119ub distribution is distinct from and largely dispensable for H3K27me3 patterns. Unexpectedly, H2AK119ub is enriched at predicted enhancers with developmentally dynamic changes in accessibility, including in neurons. More than two-thirds of well-documented axon guidance genes and neuronal identity transcription factors are associated with H2AK119ub. Many of the genes differentially expressed in H2AK119ub-deficient animals are involved in neuronal differentiation and signaling and feature H2AK119ub-enriched promoters and enhancers, including a subset that is H3K27me3 repressed. We uncover a likely conserved yet underappreciated dual role for H2AK119ub at enhancers and H3K27me3-repressed chromatin, with implications for nervous system development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».