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Enregistrement W4416821133 · doi:10.1038/s42003-025-09294-z

Light-harvesting by antenna-containing xanthorhodopsin from an Antarctic Pseudanabaenaceae cyanobacterium

2025· article· en· W4416821133 sur OpenAlexfundno aff
Marı́a del Carmen Marı́n, Shunya Murakoshi, Andrey Rozenberg, Tatsuki Tanaka, Masae Konno, Wataru Shihoya, Osamu Nureki, Oded Béjà, Keiichi Inoue

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiquePhotoreceptor and optogenetics research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesAzrieli FoundationBrain Science Foundation
Mots-clésCyanobacteriaHalophilePhototrophExtreme environmentBacteriaPhotosynthesisChromophore

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Microbial rhodopsins are light-sensitive proteins vital to various phototrophic and sensory processes in microorganisms. Xanthorhodopsins, with their dual chromophore system involving retinal and carotenoids, have been predominantly studied in the extreme halophilic bacterium Salinibacter ruber and in the early-branching thylakoid-less cyanobacterium Gloeobacter violaceus, where they facilitate light-driven outward proton pumping. However, their distribution, binding specificity, and ecological significance in cyanobacteria remain poorly understood. Here we report the incidence of xanthorhodopsin genes in cyanobacterial genomes and characterize psXR, a xanthorhodopsin from an uncultured Antarctic cyanobacterium from the filamentous family of Pseudanabaenaceae that binds a hydroxylated carotenoid antenna. Through bioinformatic, spectroscopic, functional and structural analyses, we determine the properties of psXR and potential physiological roles of cyanobacterial xanthorhodopsins. Our findings suggest xanthorhodopsins' role in modulating light-harvesting efficiency in cyanobacteria, particularly in extreme environments. The antenna binding and associated structural changes likely provide selective advantages for adapting to polar light conditions such as prolonged low light intensities and spectral shifts, contributing to cyanobacterial survival in harsh habitats.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,103
Score d'incertitude au seuil0,667

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,073
Tête enseignante GPT0,389
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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