CRISPR-Cas9 gene insertion in Epichloë species
Notice bibliographique
Résumé
The dairy, meat, and fibre industries in several regions within New Zealand are heavily reliant on selected strains of endophytic fungi, within the genus Epichloë, which confer resistance to a range of insect pests and environmental pressures when in symbiosis with pasture cultivars. Unfortunately, some fungal strains are historically intractable to genetic manipulation, therefore preventing investigation into novel traits. Only recently with the development of CRISPR-Cas systems, a revolutionary gene editing tool, was CRISPR-Cas9 successfully used on one of these intractable strains, Epichloë sp. LpTG-3 strain AR37, to create targeted gene disruptions. This study focused on CRISPR-Cas9 targeted gene insertion capabilities in Epichloë spp. CRISPR-Cas9 was successfully deployed to precisely insert 236 bp of coding sequence from a critical condensation domain of the perA gene, missing in the genetically intractable Epichloë festucae var. lolii strain AR48. CRISPR-Cas9 was also successfully deployed to insert the reporter gene gfp into a precise location within the indole diterpene pathway, a known secondary metabolite pathway in AR37. This research illustrated the ability of CRISPR-Cas9 to repair or insert genes in genetically intractable Epichloë species, with the potential for reconstruction of secondary metabolite pathways for novel compound production and delivery into New Zealand’s pasture-based agricultural system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».