A population-based cohort study to establish clinical characteristics and outcomes of patients experiencing methicillin-sensitive <i>Staphylococcus aureus</i> bacteremia as a function of the cefazolin high inoculum effect
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Staphylococcus aureus bacteremia is a leading cause of morbidity and mortality. Several phenotypes (e.g. methicillin-resistance) influence patient outcomes. The high inoculum effect (HIE) is characterized by reduced susceptibility to beta-lactam antibiotics, most notably cefazolin, at high inoculums in-vitro . Methods A population-based cohort was used to assess all MSSA bacteremia in Calgary, Alberta, from 2012-14 and 2019 (n=1.5 million). Isolates underwent genomic sequencing and cefazolin susceptibility testing at 10 5 and 10 7 CFU/ml where the HIE was defined as a 4X-increase in minimum-inhibitory concentration (MIC) and pronounced (PIE) defined as MIC≥16 ug/ml at 10 7 CFU/ml. Results The incidence of MSSA bacteremia with HIE decreased from 38.9 to 24.2% between the two time periods. Patients infected with HIE phenotype could not be differentiated based on demographics, source of bacteremia, or clinical biomarkers at presentation. Sequencing confirmed associations of HIE with blaZ A, agr3, and clonal complex 30. HIE was not associated with outcomes including clearance-time and all-cause mortality when assessed in aggregate or as a function of treatment. Relapses, however, were only documented with cefazolin. PIE was observed in 3.7% of isolates and was associated with significant increased all-cause 180-day mortality, irrespective of treatment, but not at one year. Discussion The HIE, but not PIE, is common in an unselected general population cohort. Neither demographics nor clinical biomarkers can be used to predict HIE. If there is a deleterious impact of this phenotype on patient outcomes, it is modest and may be masked by empiric therapy provided prior to MSSA bacteremia confirmation. Importance Statement A prospective cohort study by Miller et al. (2018) observed a significant increase in 30-day mortality in individuals experiencing methicillin-sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) bacteremia, with isolates exhibiting the high-inoculum effect (HIE) phenotype, when treated with the cefazolin. Our study sought to understand the epidemiology and impact of the HIE, using a population-based study design thereby mitigating the selection bias associated with other conventional cohort studies (focused on specific hospitals, at-risk groups, or clinics). We address the effects of HIE on clinical outcomes, predictive factors, and associated genomic contributors for the HIE phenotype within an unbiased population. These data are important for clinicians by highlighting if it is possible to predict HIE phenotype based on clinical and genomic factors, and to establish if cefazolin use associates with worse outcomes when MSSA causing bacteremia exhibits the HIE phenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».