Complete Genome Sequence of Pithoascus kurdistanensis CBS 149789, an Endophytic Fungus Isolated from Papaver bracteatum
Notice bibliographique
Résumé
Endophytic fungi are increasingly recognized as pivotal contributors to plant secondary metabolism, often synthesizing bioactive compounds like those produced by their hosts. We report the first complete genome sequence for Pithoascus kurdistanensis, a novel endophyte isolated from Papaver bracteatum that produces morphinan alkaloids independently from its host plant. High-quality genomic DNA from P. kurdistanensis was subjected to a hybrid sequencing strategy using both Oxford Nanopore long-read and Illumina short-read platforms, yielding a 34.0 Mbp assembly composed of nine chromosomal contigs and four additional minor contigs. This assembly was 97.3% complete as determined by BUSCO and revealed that 6.37% of the genome consists of repetitive elements. A total of 8292 protein-coding genes, including 63 candidate genes potentially involved in isoquinoline alkaloid biosynthesis, have been identified. Phylogenetic analysis based on conserved single-copy orthologs positioned P. kurdistanensis within a basal lineage of the Microascaceae. Overall, these results provide foundational insight into the genetic potential of P. kurdistanensis as a novel microbial source of morphinan alkaloids, while emphasizing the need for continued functional studies to resolve the underlying biosynthetic pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».