Proteome-Wide Analysis and Surface Protein Isolation for Secretome Characterization Reveal Insights into the Biology of the Leaf-Cutter Ant <i>Acromyrmex echinatior</i>
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Characterizing the proteome of an organism can provide critical insights into the proteins that regulate key biological processes such as development, physiology, and environmental interactions. While proteome-wide analyses reveal broad protein dynamics, spatially resolved approaches can uncover specific, localized functions. For example, the leaf-cutter ant Acromyrmex echinatior secretes a unique protein layer that coats its exoskeleton and interacts with biotic and abiotic factors, including its symbiotic bacterium Pseudonocardia . In this study, to characterize both the whole-body proteome and the externally secreted cuticular protein layer of A. echinatior, we utilize a dual-layered proteomic approach. Using diaPASEF, we quantified 4,428 proteins across four early adult ages, uncovering distinct age-dependent protein clusters enriched in muscle development, lipid metabolism, and immune-related responses. We then developed an acid-based extraction method to isolate the externally secreted protein layer, identifying 323 secreted proteins via the ddaPASEF acquisition. Many of these proteins exhibited temporal abundance changes and were associated with functions, such as environmental stress response, microbial defense, and cuticle sclerotization. Notably, tropomyosin-family proteins were highly enriched in the external secretome and exhibited significant changes across early adult time points, potentially linking these ion-binding molecules to metal-enrichment processes occurring during this crucial stage. Together, this work reveals dynamic changes in the internal and surface proteomes of young adult A. echinatior ants and provides a methodological framework for further probing localized extra-cuticular protein function in complex biological systems.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».