Genomic analysis reveals population structure and guides conservation actions of the endangered plant, Pedicularis furbishiae (Orobanchaceae)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pedicularis furbishiae is a globally rare, hemiparasitic perennial restricted to dynamic riverbank habitats along the Wolastoq (Saint John) River in Maine, USA, and New Brunswick, Canada. The species now faces severe threats from habitat fragmentation, altered hydrology, and demographic collapse—particularly in New Brunswick, where several subpopulations have been recently extirpated and where recovery activities are being undertaken to protect the species from further decline. In this study, we assembled the first reference genome for P. furbishiae and conducted reduced-representation genotyping by sequencing (GBS) across 69 individuals sampled from all major subpopulations. Despite recovering a modest number of SNPs (152), we identified four genetically distinct populations: one in Maine with some subpopulation structure and three isolated subpopulations in New Brunswick. Genetic diversity was low overall, with elevated inbreeding coefficients in Grand Falls and Medford populations. All subpopulations contain private alleles, indicating the importance of conserving even the most demographically vulnerable sites. These findings support an integrated conservation strategy combining seed banking, ex situ propagation, and genetic rescue through controlled outcrossing among subpopulations, and provide a critical genomic baseline to inform the recovery of this imperiled species through population reinforcement and reintroduction across its range.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».