Infant gut anellovirus composition associates with early life factors and childhood atopic disease
Notice bibliographique
Résumé
Anelloviruses are single-stranded circular DNA viruses that infect eukaryotic cells. They are acquired in infancy and can be found in most body compartments. The Anelloviridae family is highly prevalent and genetically diverse, but factors shaping the composition and the relationship with disease remain elusive. Here, we characterise faecal viromes of 647 one-year-old children from the deeply phenotyped Copenhagen Prospective Studies on Asthma in Childhood2010 (COPSAC2010) mother-child cohort. In this study, 111 unique anellovirus species are identified and reveal immense prevalence and individual variability. The anellovirus and bacteriophage compositions are slightly correlated, while no correlation is observed with the bacterial composition. Early-life exposures such as attending day care and having older siblings are associated with a reduced anellovirus abundance and diversity, and influence the anellovirus composition. Additionally, genetic secretors of the FUT2 enzyme have a higher anellovirus abundance compared to non-secretors. Minor associations are observed between anelloviruses and later allergic rhinitis, but no associations are found for concurrent acute infections or the development of other atopic traits. Our findings indicate that anelloviruses are a commensal component of all infants’ faecal virome, and further investigations into how immune-training factors influence their composition longitudinally are pertinent. Here, the authors characterize the gut virome of 647 one-year-old children in the COPSAC2010 cohort, finding that anelloviruses are highly prevalent and associated with daycare attendance, gestational age, and FUT2 secretor status.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».