Chemically-inducible CRISPR/Cas9 circuits for ultra-high dynamic range gene perturbation
Notice bibliographique
Résumé
CRISPR/Cas9 technologies provide unique capabilities for modeling disease and understanding gene-to-phenotype connections. In cultured cells, chemical-mediated control of Cas9 activity can limit off-target effects and enable mechanistic study of essential genes. However, widely-used Tet-On systems often show leaky Cas9 expression, leading to unintended edits, as well as weak activity upon induction. Leakiness can be problematic in the context of Cas9 nuclease activity, which may result in cumulative DNA damage and degradation of the target cell genome over time. To overcome these deficiencies, we have established transgenic platforms that minimize Cas9 functionality in the OFF-state along with maximized and uncompromised ON-state gene editing efficiency. By combining conditional destabilization and inhibition of Cas9, we have developed an all-in-one (one or multiple guide RNAs and Cas9) ultra-tight, Tet-inducible system with exceptional dynamic range (ON vs. OFF-state) across various cell lines and targets. As an alternative to Tet-mediated induction, we have created a Branaplam-regulated splice switch module for low-baseline and robust Cas9 activity control. Lastly, for circumstances where DNA damage needs to be avoided, we have constructed a dual-control, Tet-inducible CRISPRi module for tight and potent transcriptional silencing. This upgraded suite of inducible CRISPR systems has broad applications for numerous cell types and experimental conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».