The <i>Mycobacterium tuberculosis</i> Ku C-terminus orchestrates LigD activity through domain-specific interactions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bacterial non-homologous end joining (NHEJ) is a DNA double-strand break (DSB) repair pathway that relies on the Ku–LigD complex to alleviate genomic instability. The Mycobacterium tuberculosis Ku C-terminus has been highlighted for its role in LigD recruitment to DNA DSBs and stimulation of ligase activity. However, it remains unclear how the Ku C-terminus interacts with and potentially influences other LigD activities. Here, we combine NMR spectroscopy, structural modelling and mutational analysis to define the interaction interface between the Ku C-terminus and LigD. We identify critical residues in Ku (E246, V248, S258, K260, and N266) and the LigD polymerase (D162, V194, R198) and ligase (D522, K579, L580) domains that mediate this interaction. Functional assays reveal that Ku stimulates LigD ligase activity through contacts with both polymerase and ligase domains, while Ku attenuates template-dependent polymerase activity, contrasting previous studies with Pseudomonas aeruginosa homologs. Disrupting the Ku–LigD interface, either through Ku or LigD mutations, abolishes ligase stimulation and restores polymerase activity, highlighting a dual regulatory mechanism. Our data supports a model where Ku’s C-terminal region forms a bipartite interface with LigD to balance repair activity. These findings provide mechanistic insight into the Ku–LigD repair mechanism and uncovers species-specific differences in bacterial NHEJ. Graphical Abstract
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».