Genome assembly for the Sierra Nevada Parnassian ( <i>Parnassius behrii</i> ) and a brief review of butterfly genome sizes
Notice bibliographique
Résumé
The Sierra Nevada Parnassian (Parnassius behrii W.H. Edwards, 1870) (Lepidoptera: Papilionidae) is a high-elevation specialist butterfly endemic to the Sierra Nevada, California. We present a genome assembly for P. behrii, representing the first major genomic resource for the species and greater Parnassius phoebus species complex. The assembly consists of two haplotypes, 1.59 Gb and 1.46 Gb in length, with contig N50 values of 10.93 Mb and 11.84 Mb, scaffold N50 values of 52.56 Mb and 51.90 Mb, scaffold L50 values of 13 and 14, and BUSCO completeness scores of 98.7% and 94.4%, respectively. Both haplotypes are highly contiguous, with 31 chromosome-length scaffolds, including putative Z and W sex chromosomes. We annotated the genome with National Center for Biotechnology Information's (NCBI's) EGAPx pipeline, integrating database and novel transcript alignment with Hidden Markov Model-based gene predictions, yielding 17,191 genes with a BUSCO score of 98.1%. RepeatMasker identified that 26.68% (424.97 Mb) of the genome consists of repetitive elements. We also assembled a mitochondrial genome for P. behrii (15,391 bp) containing 2 rRNAs, 22 unique transfer RNAs, and 13 protein-coding genes. We finally reviewed 514 high-quality butterfly genomes available from the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Parnassius species were observed to have the largest genomes, with P. behrii being the largest. This assembly provides a foundational resource for whole-genome research on P. behrii and the broader P. phoebus complex, enabling analyses of evolutionary differentiation, local adaptation, inbreeding, gene flow, taxonomy and conservation practices.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».