The CRY1-HsF predicted interaction interface serves as a molecular platform for bioengineering or selecting modulating mutants
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: High-temperature stress imposes an energetic cost on plant growth and negatively impacts agricultural productivity. This stress rapidly triggers the activation of Heat shock Factor (HsF) proteins, a family of transcription factors that maintain proteostasis. The cryptochrome CRY1 can physically interact with HsFA1d proteins to facilitate nucleus translocation and the regulation of genes that contributes to stress tolerance. Methods: We combined structural predictions with experimental testing using yeast-two-hybrid and bimolecular fluorescence complementation assays. Results: We confirm that CRY1 PHR domain interacts extensively with multiple HsF proteins through their HR-A region of the conserved oligomerization HR-A/B domain interface. This interaction partially relies on salt bridges provided by the N- and C-terminus of HR-A region and a conserved interface centered around W352 of CRY1. HsFA3 shows the strongest affinity to CRY1 in yeast-two-hybrid assays notably thanks to a glutamate residue that interacts with R211 and R435 of CRY1. Mutating equivalent residue positions within HsFA1e or HsFC1 to a glutamate increased their interaction to CRY1. Discussion: Overall, our analysis allowed the identification of mutant candidate that could be used in selection or bioengineering endeavors to improve thermal stress tolerance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».