Bridging a Gap in Marine Sulfur Cycling: Discovery of a <scp>d</scp> -Cysteinolic Acid Degradation Pathway
Notice bibliographique
Résumé
d -Cysteinolic acid is a prominent sulfur-containing compound in marine and freshwater ecosystems, yet its metabolic fate has remained largely uncharacterized. Here, we describe a newly identified d -cysteinolic acid degradation pathway in a marine model bacterium Ruegeria pomeroyi DSS-3. This pathway involves a PLP-dependent cysteinolic acid racemase (ClaA) that interconverts d - and l -cysteinolic acids, followed by a NAD + -dependent l -cysteinolic acid dehydrogenase (ClaB) that oxidizes l -cysteinolic acid to l -cysteate. A cysteate racemase (CuyB) then converts l -cysteate to d -cysteate, the preferred substrate for the sulfolyase CuyA. Bioinformatic analysis of the Tara Oceans gene atlas reveals that ClaA and CuyA homologues are widespread in marine bacterial populations, particularly within the alphaproteobacterial Roseobacter and SAR116 groups and the gammaproteobacterial SUP05 clade. Relative abundance of gene homologues correlates with surface water chlorophyll levels, linking d -cysteinolic acid degradation to photosynthetic primary production. This discovery advances our understanding of marine sulfur cycling and highlights d -cysteinolic acid as an important metabolic currency in microbial networks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».