Interactive Effects of Telomere Length and Genetic Variants on Alzheimer Disease Risk Across Multiple Ancestral Populations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Telomere length (TL), a biomarker of biological aging, but its association with Alzheimer’s disease (AD) remains unclear. Methods We estimated TL in whole-genome sequencing data from 35,014 Alzheimer’s Disease Sequencing Project participants using TelSeq, which after quality control yielded a dataset including 6,973 persons of European ancestry (EA), 4,188 African Americans (AA), 4,005 Caribbean Hispanics (CH), and 4,170 Native American Hispanics (NAH). TL was log-transformed, adjusted for age and blood cell counts, and z-scaled. Scaled TL was dichotomized into long and short groups according to the median. An AD GWAS for the interaction of TL with variants having a minor allele count >20 was performed in each ancestry group using logistic regression models including SNP and TL main effects and a SNP×TL interaction term. Results AD risk was associated with shorter TL (β = -0.18, P < 2×10 -16 ). Longer TL was associated with dosages of APOE ε2 ( P <5.08×10 -8 ) and APOE ε4 ( P =2.10×10 -2 ). In the EA group, genome-wide significant (GWS) TLxSNP interactions were identified for variants in SEMA6A (P =1.42×10 -8 ) and LOC105378654 (P =4.17×10 -8 ), between IL15 and INPP4B (P =1.77×10 -8 ) and upstream of RP11-2N5.2 ( P =4.60×10 -8 ). In the NAH group, GWS interactions were observed with an intronic variant in BSN ( P =3.26×10 -8 ) and missense variant in MST1 ( P =3.26×10 -8 ). In the total sample, interactions with variants between CTD-2160D9.1 and EEF1A1P20 ( P <1.19×10 -8 ), in TBC1D22A ( P =1.06×10 -8 ) and in PLK1 ( P =3.28×10 -8 ) were GWS. Conclusion We identified variants that significantly impact AD risk through their interaction with TL, suggesting that TL maintenance pathways may be central to AD pathogenesis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».